L'équipe assez faible du club de foot de Raimon qui ne dispose que de 7 joueurs (pas trop motivés d'ailleurs) , a l'occasion de jouer contre la célèbre équipe de l'academy Teikoku (Royal Académy) qui n'a fait que remporter pendant 40 ans les tournois du Football Frontier. Le Capitaine du club de foot, Mamoru Endou (Mark Evans) va devoir se faire de nouveaux alliés et les intégrés dans le club de foot s'il veut aller le plus loin possible dans la compétition.

L'équipe d'Endou va devoir affronter diverses épreuves avant d'arriver à la finale du Football Frontier. Avec ses amis , et tout particulièrement Gouenji Shuuya , (Axel Blaze) ils vont remporter le Football Frontier. Mais des sois-disant "Extra-terrestres" viennent pour les défier. Ils vont devoirs accepter les défaites est beaucoup s'améliorer , d'autant plus que d'autre choses plus terribles les unes que les autres les attendent. Après avoir vaincus la Tempête des Gémaux , ils doivent faire face aux équipes les plus dures des extra-terrestres : Epsilon , Diamond Dust, Prominence , Chaos (Diamond + Prominence) Puis l'équipe Ultime , Genesis. Ils iront jusqu'au tournois Mondial avec leurs nouveaux équipiers , avec le nom d'Inazuma Japan, Représentant le Japon. On reverra aussi le Grand-père d'Endou, Sois-disant mort , qui à monté sa propre équipe mondiale.

Inazuma Eleven GO est une série dérivée d'Inazuma Eleven, celle-ci se passe 10 ans après , ou l'ont revoit beaucoup des personnages grandit.  

Un film est sortie aussi , est le jeu Inazuma Eleven 2 sortira bientôt !